Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "author": "Patricia Sobecky",
2
  "author": "Patricia Sobecky",
            
3
  "author_email": "psobecky@ua.edu",
3
  "author_email": "psobecky@ua.edu",
            
4
  "creator_user_id": "851c91e4-6343-45af-967a-20a33797707e",
4
  "creator_user_id": "851c91e4-6343-45af-967a-20a33797707e",
            
5
  "extras": [
5
  "extras": [
            
6
    {
6
    {
            
7
      "key": "DOI",
7
      "key": "DOI",
            
8
      "value": "doi:10.7266/T9N52Q58"
8
      "value": "doi:10.7266/T9N52Q58"
            
9
    },
9
    },
            
10
    {
10
    {
            
11
      "key": "ISO.pointOfContact",
11
      "key": "ISO.pointOfContact",
            
12
      "value": "Patricia Sobecky <psobecky@ua.edu>"
12
      "value": "Patricia Sobecky <psobecky@ua.edu>"
            
13
    },
13
    },
            
14
    {
14
    {
            
15
      "key": "Place Keywords",
15
      "key": "Place Keywords",
            
16
      "value": "Chandeleur Island, Louisiana, Gulf of Mexico"
16
      "value": "Chandeleur Island, Louisiana, Gulf of Mexico"
            
17
    },
17
    },
            
18
    {
18
    {
            
19
      "key": "Temporal Begin",
19
      "key": "Temporal Begin",
            
20
      "value": "2017-05-30"
20
      "value": "2017-05-30"
            
21
    },
21
    },
            
22
    {
22
    {
            
23
      "key": "Temporal End",
23
      "key": "Temporal End",
            
24
      "value": "2018-06-13"
24
      "value": "2018-06-13"
            
25
    },
25
    },
            
26
    {
26
    {
            
27
      "key": "Theme Keywords",
27
      "key": "Theme Keywords",
            
28
      "value": "functional marker genes, Spartina sp., Avicennia sp., 
28
      "value": "functional marker genes, Spartina sp., Avicennia sp., 
            
29
salt marsh, long-term oil exposure, denitrification"
29
salt marsh, long-term oil exposure, denitrification"
            
30
    },
30
    },
            
31
    {
31
    {
            
32
      "key": "spatial",
32
      "key": "spatial",
            
33
      "value": "{ \"type\": \"Polygon\", \"coordinates\": [ [ [ 
33
      "value": "{ \"type\": \"Polygon\", \"coordinates\": [ [ [ 
            
34
-88.841472, 29.927599 ], [ -88.829308, 29.927599 ], [ -88.829308, 
34
-88.841472, 29.927599 ], [ -88.829308, 29.927599 ], [ -88.829308, 
            
35
29.86375 ], [ -88.841472, 29.86375 ], [ -88.841472, 29.927599 ] ] ] }"
35
29.86375 ], [ -88.841472, 29.86375 ], [ -88.841472, 29.927599 ] ] ] }"
            
36
    }
36
    }
            
37
  ],
37
  ],
            
38
  "groups": [],
38
  "groups": [],
            
39
  "id": "9dc89691-0998-4a23-8a46-a75f913d50d6",
39
  "id": "9dc89691-0998-4a23-8a46-a75f913d50d6",
            
40
  "isopen": false,
40
  "isopen": false,
            
41
  "license_id": null,
41
  "license_id": null,
            
42
  "license_title": null,
42
  "license_title": null,
            
43
  "maintainer": "data@disl.org",
43
  "maintainer": "data@disl.org",
            
44
  "maintainer_email": "data@disl.org",
44
  "maintainer_email": "data@disl.org",
            
45
  "metadata_created": "2022-07-27T14:34:39.139533",
45
  "metadata_created": "2022-07-27T14:34:39.139533",
            
n
46
  "metadata_modified": "2022-07-27T14:38:11.884061",
n
46
  "metadata_modified": "2022-10-10T21:20:14.014776",
            
47
  "name": 
47
  "name": 
            
48
al-marker-gene-abundance-from-sediments-associated-with-co-ot9n52q58",
48
al-marker-gene-abundance-from-sediments-associated-with-co-ot9n52q58",
            
49
  "notes": "### Abstract\nThis dataset was generated from a study in 
49
  "notes": "### Abstract\nThis dataset was generated from a study in 
            
50
which sediments were collected from Chandeleur Islands salt marshes to 
50
which sediments were collected from Chandeleur Islands salt marshes to 
            
51
examine the effect of oil exposure on denitrifier functional abundance 
51
examine the effect of oil exposure on denitrifier functional abundance 
            
52
within sediments associated with Avicennia sp. and Spartina sp. 
52
within sediments associated with Avicennia sp. and Spartina sp. 
            
53
Genomic DNA was extracted from the top 0-7cm of sediment cores at five 
53
Genomic DNA was extracted from the top 0-7cm of sediment cores at five 
            
54
time points over the course of 2 years (2017-2018) from two salt marsh 
54
time points over the course of 2 years (2017-2018) from two salt marsh 
            
55
sampling sites at the Chandeleur Islands. Additional data from this 
55
sampling sites at the Chandeleur Islands. Additional data from this 
            
56
study can be found under GRIIDC Unique Dataset Identifier (UDI): 
56
study can be found under GRIIDC Unique Dataset Identifier (UDI): 
            
57
R4.x262.000:0052 (DOI: 10.7266/4BSSB0AZ).\n\n### Purpose\nThe purpose 
57
R4.x262.000:0052 (DOI: 10.7266/4BSSB0AZ).\n\n### Purpose\nThe purpose 
            
58
of this study was to enumerate genes involved in denitrification from 
58
of this study was to enumerate genes involved in denitrification from 
            
59
sediment samples associated with Avicennia sp. and Spartina sp. from 
59
sediment samples associated with Avicennia sp. and Spartina sp. from 
            
60
the Chandeleur Islands.\n\n**DOI: 
60
the Chandeleur Islands.\n\n**DOI: 
            
61
[doi:10.7266/T9N52Q58](https://www.doi.org/10.7266/T9N52Q58)**\n\n### 
61
[doi:10.7266/T9N52Q58](https://www.doi.org/10.7266/T9N52Q58)**\n\n### 
            
62
Suggested Citation\nPatrice Crawford, Nikaela Flournoy. 2019. 
62
Suggested Citation\nPatrice Crawford, Nikaela Flournoy. 2019. 
            
63
Quantifying denitrifier functional marker gene abundance from 
63
Quantifying denitrifier functional marker gene abundance from 
            
64
sediments associated with co-occurring Avicennia sp. and Spartina sp. 
64
sediments associated with co-occurring Avicennia sp. and Spartina sp. 
            
65
in Chandeleur Islands salt marsh seven and eight years post Deepwater 
65
in Chandeleur Islands salt marsh seven and eight years post Deepwater 
            
66
Horizon from 2017-05-30 to 2018-06-13. Distributed by: Gulf of Mexico 
66
Horizon from 2017-05-30 to 2018-06-13. Distributed by: Gulf of Mexico 
            
67
Research Initiative Information and Data Cooperative (GRIIDC), Harte 
67
Research Initiative Information and Data Cooperative (GRIIDC), Harte 
            
68
Research Institute, Texas A&M University\u2013Corpus Christi. 
68
Research Institute, Texas A&M University\u2013Corpus Christi. 
            
69
doi:10.7266/T9N52Q58\n\n**Funded by:** Gulf of Mexico Research 
69
doi:10.7266/T9N52Q58\n\n**Funded by:** Gulf of Mexico Research 
            
70
Initiative (GoMRI)\n\n**Funding cycle:** RFP-IV\n\n**Research group:** 
70
Initiative (GoMRI)\n\n**Funding cycle:** RFP-IV\n\n**Research group:** 
            
71
Alabama Center for Ecological Resilience (ACER)\n\n",
71
Alabama Center for Ecological Resilience (ACER)\n\n",
            
72
  "num_resources": 2,
72
  "num_resources": 2,
            
n
73
  "num_tags": 9,
n
73
  "num_tags": 0,
            
74
  "organization": {
74
  "organization": {
            
75
    "approval_status": "approved",
75
    "approval_status": "approved",
            
76
    "created": "2022-07-22T03:25:13.329710",
76
    "created": "2022-07-22T03:25:13.329710",
            
n
77
    "description": "The Dauphin Island Sea Lab organization.",
n
77
    "description": "The Dauphin Island Sea Lab's (DISL) mission is to 
            
78
become a center for transformative U.S. oceanic and coastal research 
            
79
and education.. Founded in 1971 by the State of Alabama Legislature to 
            
80
maximize the marine sciences capabilities of several Alabama 
            
81
institutions and minimize duplication. \r\n\r\nLocated on the eastern 
            
82
tip of Dauphin Island, a barrier island in the northern Gulf of 
            
83
Mexico, DISL is surrounded by Mobile Bay, the Mississippi Sound, and 
            
84
the waters of the Gulf, making it a perfect location to conduct a wide 
            
85
range of marine science activity. \r\n\r\n[The University Programs 
            
86
(UP)](https://www.disl.edu/univ-prog/) serves the students of the 
            
87
Marine Environmental Sciences Consortium\u2019s (MESC) 22 public and 
            
88
private four-year colleges and universities through graduate and 
            
89
undergraduate programs. Throughout the year, graduate students conduct 
            
90
research, and attend classes while completing their degree under the 
            
91
mentorship of faculty and staff at the Dauphin Island Sea Lab.  
            
92
\r\n\r\n[The Discovery Hall Programs (DHP)](https://www.disl.edu/dhp/) 
            
93
oversees educational programs for K-12 field programs, 
            
94
teacher-training, and community outreach opportunities.  \r\n[The 
            
95
Estuarium](https://www.disl.edu/aquarium/), our public aquarium 
            
96
located on the Dauphin Island Sea Lab campus, is a part of DHP's 
            
97
educational outreach mission. The Estuarium focuses solely on the 
            
98
Mobile-Tensaw Estuary System. The BayMobile allows DHP educators to 
            
99
bring marine science to students across Alabama in the classroom and 
            
100
at community events. \r\n\r\nResearch programs at the Dauphin Island 
            
101
Sea Lab range from biogeochemistry and oceanography to ecosystem 
            
102
ecology. While much of our research focuses on the near-shore and 
            
103
estuarine processes of the northern Gulf of Mexico, field sites of our 
            
104
internationally-renowned faculty also include the Arctic, Mexico, 
            
105
Australia, and other countries.\r\n\r\nThe Dauphin Island Sea Lab also 
            
106
offers state and local government, industry, and agency 
            
107
decision-makers a range of coastal zone management services, including 
            
108
access to the nationally acclaimed data management center. Armed with 
            
109
data through the DISL data management center, entities can make 
            
110
well-informed decisions and sound policies while considering 
            
111
environmental impact. Another key contributor to successful coastal 
            
112
zone management is the Mobile Bay National Estuary Program, which 
            
113
falls within the services of DISL.\r\n\r\n",
            
78
    "id": "cb136e67-d862-4b9e-af1c-e5c564cee512",
114
    "id": "cb136e67-d862-4b9e-af1c-e5c564cee512",
            
n
79
    "image_url": "",
n
115
    "image_url": 
            
116
"2022-07-29-144848.512466DISL-centered-logo-w-Tag-CMYK.svg",
            
80
    "is_organization": true,
117
    "is_organization": true,
            
81
    "name": "dauphin-island-sea-lab",
118
    "name": "dauphin-island-sea-lab",
            
82
    "state": "active",
119
    "state": "active",
            
83
    "title": "Dauphin Island Sea Lab",
120
    "title": "Dauphin Island Sea Lab",
            
84
    "type": "organization"
121
    "type": "organization"
            
85
  },
122
  },
            
86
  "owner_org": "cb136e67-d862-4b9e-af1c-e5c564cee512",
123
  "owner_org": "cb136e67-d862-4b9e-af1c-e5c564cee512",
            
87
  "private": false,
124
  "private": false,
            
88
  "relationships_as_object": [],
125
  "relationships_as_object": [],
            
89
  "relationships_as_subject": [],
126
  "relationships_as_subject": [],
            
90
  "resources": [
127
  "resources": [
            
91
    {
128
    {
            
92
      "cache_last_updated": null,
129
      "cache_last_updated": null,
            
93
      "cache_url": null,
130
      "cache_url": null,
            
94
      "created": "2022-07-27T14:34:39.631447",
131
      "created": "2022-07-27T14:34:39.631447",
            
95
      "datastore_active": false,
132
      "datastore_active": false,
            
96
      "datastore_contains_all_records_of_source_file": false,
133
      "datastore_contains_all_records_of_source_file": false,
            
97
      "description": null,
134
      "description": null,
            
98
      "format": "XML",
135
      "format": "XML",
            
99
      "hash": "",
136
      "hash": "",
            
100
      "id": "1fbb8936-6ace-470d-9c70-697709a7cdca",
137
      "id": "1fbb8936-6ace-470d-9c70-697709a7cdca",
            
101
      "last_modified": "2022-07-27T14:34:39.575447",
138
      "last_modified": "2022-07-27T14:34:39.575447",
            
102
      "metadata_modified": "2022-07-27T14:34:40.185102",
139
      "metadata_modified": "2022-07-27T14:34:40.185102",
            
103
      "mimetype": "application/xml",
140
      "mimetype": "application/xml",
            
104
      "mimetype_inner": null,
141
      "mimetype_inner": null,
            
105
      "name": "R4.x262.000-0054-metadata.xml",
142
      "name": "R4.x262.000-0054-metadata.xml",
            
106
      "package_id": "9dc89691-0998-4a23-8a46-a75f913d50d6",
143
      "package_id": "9dc89691-0998-4a23-8a46-a75f913d50d6",
            
107
      "position": 0,
144
      "position": 0,
            
108
      "resource_type": null,
145
      "resource_type": null,
            
109
      "size": 27274,
146
      "size": 27274,
            
110
      "state": "active",
147
      "state": "active",
            
111
      "url": 
148
      "url": 
            
112
6-6ace-470d-9c70-697709a7cdca/download/r4.x262.000-0054-metadata.xml",
149
6-6ace-470d-9c70-697709a7cdca/download/r4.x262.000-0054-metadata.xml",
            
113
      "url_type": "upload"
150
      "url_type": "upload"
            
114
    },
151
    },
            
115
    {
152
    {
            
116
      "cache_last_updated": null,
153
      "cache_last_updated": null,
            
117
      "cache_url": null,
154
      "cache_url": null,
            
118
      "ckan_url": "https://data.disl.edu",
155
      "ckan_url": "https://data.disl.edu",
            
119
      "created": "2022-07-27T14:34:40.224033",
156
      "created": "2022-07-27T14:34:40.224033",
            
120
      "datastore_active": true,
157
      "datastore_active": true,
            
121
      "datastore_contains_all_records_of_source_file": true,
158
      "datastore_contains_all_records_of_source_file": true,
            
122
      "description": null,
159
      "description": null,
            
123
      "format": "CSV",
160
      "format": "CSV",
            
124
      "hash": "bd4f381584b2732783a62be2ae155fd4",
161
      "hash": "bd4f381584b2732783a62be2ae155fd4",
            
125
      "id": "3c941bf6-a053-4204-8510-41cb6820b78e",
162
      "id": "3c941bf6-a053-4204-8510-41cb6820b78e",
            
n
126
      "ignore_hash": false,
n
163
      "ignore_hash": true,
            
127
      "last_modified": "2022-07-27T14:34:40.164947",
164
      "last_modified": "2022-07-27T14:34:40.164947",
            
128
      "metadata_modified": "2022-07-27T14:38:11.898985",
165
      "metadata_modified": "2022-07-27T14:38:11.898985",
            
129
      "mimetype": "text/csv",
166
      "mimetype": "text/csv",
            
130
      "mimetype_inner": null,
167
      "mimetype_inner": null,
            
131
      "name": 
168
      "name": 
            
132
"Quantify_denitrifier_functinal_marker_Chandeleur_2017_2018.csv",
169
"Quantify_denitrifier_functinal_marker_Chandeleur_2017_2018.csv",
            
133
      "original_url": 
170
      "original_url": 
            
134
nload/quantify_denitrifier_functinal_marker_chandeleur_2017_2018.csv",
171
nload/quantify_denitrifier_functinal_marker_chandeleur_2017_2018.csv",
            
135
      "package_id": "9dc89691-0998-4a23-8a46-a75f913d50d6",
172
      "package_id": "9dc89691-0998-4a23-8a46-a75f913d50d6",
            
136
      "position": 1,
173
      "position": 1,
            
137
      "resource_id": "3c941bf6-a053-4204-8510-41cb6820b78e",
174
      "resource_id": "3c941bf6-a053-4204-8510-41cb6820b78e",
            
138
      "resource_type": null,
175
      "resource_type": null,
            
139
      "set_url_type": false,
176
      "set_url_type": false,
            
140
      "size": 63421,
177
      "size": 63421,
            
141
      "state": "active",
178
      "state": "active",
            
n
142
      "task_created": "2022-07-27 14:34:40.445284",
n
179
      "task_created": "2022-10-10 21:15:14.841439",
            
143
      "url": 
180
      "url": 
            
144
nload/quantify_denitrifier_functinal_marker_chandeleur_2017_2018.csv",
181
nload/quantify_denitrifier_functinal_marker_chandeleur_2017_2018.csv",
            
145
      "url_type": "upload"
182
      "url_type": "upload"
            
146
    }
183
    }
            
147
  ],
184
  ],
            
148
  "state": "active",
185
  "state": "active",
            
t
149
  "tags": [
t
186
  "tags": [],
            
150
    {

            
151
      "display_name": "Avicennia sp.",

            
152
      "id": "754f5589-bd7c-482e-973d-5f475c6608f7",

            
153
      "name": "Avicennia sp.",

            
154
      "state": "active",

            
155
      "vocabulary_id": null

            
156
    },

            
157
    {

            
158
      "display_name": "Chandeleur Island",

            
159
      "id": "175c643b-3e3a-4320-a57c-ea9e71576cd9",

            
160
      "name": "Chandeleur Island",

            
161
      "state": "active",

            
162
      "vocabulary_id": null

            
163
    },

            
164
    {

            
165
      "display_name": "Gulf of Mexico",

            
166
      "id": "26b2a6bc-e01b-4c22-9d3f-5bbcd148cc4f",

            
167
      "name": "Gulf of Mexico",

            
168
      "state": "active",

            
169
      "vocabulary_id": null

            
170
    },

            
171
    {

            
172
      "display_name": "Louisiana",

            
173
      "id": "d7699c97-9202-4624-bb36-265d2a628a57",

            
174
      "name": "Louisiana",

            
175
      "state": "active",

            
176
      "vocabulary_id": null

            
177
    },

            
178
    {

            
179
      "display_name": "Spartina sp.",

            
180
      "id": "1835055f-23b1-41b0-92ea-ca953e4de53b",

            
181
      "name": "Spartina sp.",

            
182
      "state": "active",

            
183
      "vocabulary_id": null

            
184
    },

            
185
    {

            
186
      "display_name": "denitrification",

            
187
      "id": "ef3cdb87-1cb1-463e-b2d0-5d94ea0794b0",

            
188
      "name": "denitrification",

            
189
      "state": "active",

            
190
      "vocabulary_id": null

            
191
    },

            
192
    {

            
193
      "display_name": "functional marker genes",

            
194
      "id": "09303018-72ac-4463-a3ce-ac11a7116232",

            
195
      "name": "functional marker genes",

            
196
      "state": "active",

            
197
      "vocabulary_id": null

            
198
    },

            
199
    {

            
200
      "display_name": "long-term oil exposure",

            
201
      "id": "16757d03-8ba3-4ebd-aa57-723ed06cd1b3",

            
202
      "name": "long-term oil exposure",

            
203
      "state": "active",

            
204
      "vocabulary_id": null

            
205
    },

            
206
    {

            
207
      "display_name": "salt marsh",

            
208
      "id": "5c257f3f-a48e-47b6-a1cc-4113dc5cea33",

            
209
      "name": "salt marsh",

            
210
      "state": "active",

            
211
      "vocabulary_id": null

            
212
    }

            
213
  ],

            
214
  "title": "Quantifying denitrifier functional marker gene abundance 
187
  "title": "Quantifying denitrifier functional marker gene abundance 
            
215
from sediments associated with co-occurring Avicennia sp. and Spartina 
188
from sediments associated with co-occurring Avicennia sp. and Spartina 
            
216
sp. in Chandeleur Islands salt marsh seven and eight years post 
189
sp. in Chandeleur Islands salt marsh seven and eight years post 
            
217
Deepwater Horizon from 2017-05-30 to 2018-06-13",
190
Deepwater Horizon from 2017-05-30 to 2018-06-13",
            
218
  "type": "dataset",
191
  "type": "dataset",
            
219
  "url": null,
192
  "url": null,
            
220
  "version": null
193
  "version": null
            
221
}
194
}