Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "author": "Alison Robertson",
2
  "author": "Alison Robertson",
            
3
  "author_email": "arobertson@disl.org",
3
  "author_email": "arobertson@disl.org",
            
4
  "creator_user_id": "851c91e4-6343-45af-967a-20a33797707e",
4
  "creator_user_id": "851c91e4-6343-45af-967a-20a33797707e",
            
5
  "extras": [
5
  "extras": [
            
6
    {
6
    {
            
7
      "key": "DOI",
7
      "key": "DOI",
            
8
      "value": "doi:10.7266/n7-vh1r-dy20"
8
      "value": "doi:10.7266/n7-vh1r-dy20"
            
9
    },
9
    },
            
10
    {
10
    {
            
11
      "key": "ISO.pointOfContact",
11
      "key": "ISO.pointOfContact",
            
12
      "value": "Alison Robertson <arobertson@disl.org>"
12
      "value": "Alison Robertson <arobertson@disl.org>"
            
13
    },
13
    },
            
14
    {
14
    {
            
15
      "key": "Place Keywords",
15
      "key": "Place Keywords",
            
16
      "value": "Chandeleur Islands, Louisiana, Gulf of Mexico"
16
      "value": "Chandeleur Islands, Louisiana, Gulf of Mexico"
            
17
    },
17
    },
            
18
    {
18
    {
            
19
      "key": "Temporal Begin",
19
      "key": "Temporal Begin",
            
20
      "value": "2015-06-29"
20
      "value": "2015-06-29"
            
21
    },
21
    },
            
22
    {
22
    {
            
23
      "key": "Temporal End",
23
      "key": "Temporal End",
            
24
      "value": "2015-09-23"
24
      "value": "2015-09-23"
            
25
    },
25
    },
            
26
    {
26
    {
            
27
      "key": "Theme Keywords",
27
      "key": "Theme Keywords",
            
28
      "value": "Deepwater Horizon oil spill, Bacteria, Archaea, 
28
      "value": "Deepwater Horizon oil spill, Bacteria, Archaea, 
            
29
Eukarya, seagrass, coastal, sediment, 16S rRNA, 18S rRNA"
29
Eukarya, seagrass, coastal, sediment, 16S rRNA, 18S rRNA"
            
30
    },
30
    },
            
31
    {
31
    {
            
32
      "key": "spatial",
32
      "key": "spatial",
            
33
      "value": "{ \"type\": \"Polygon\", \"coordinates\": [ [ [ 
33
      "value": "{ \"type\": \"Polygon\", \"coordinates\": [ [ [ 
            
34
-88.84147, 29.93338 ], [ -88.82778, 29.93338 ], [ -88.82778, 29.86375 
34
-88.84147, 29.93338 ], [ -88.82778, 29.93338 ], [ -88.82778, 29.86375 
            
35
], [ -88.84147, 29.86375 ], [ -88.84147, 29.93338 ] ] ] }"
35
], [ -88.84147, 29.86375 ], [ -88.84147, 29.93338 ] ] ] }"
            
36
    }
36
    }
            
37
  ],
37
  ],
            
38
  "groups": [],
38
  "groups": [],
            
39
  "id": "48864d76-c0ab-4588-a4ed-c1670f83d7bf",
39
  "id": "48864d76-c0ab-4588-a4ed-c1670f83d7bf",
            
40
  "isopen": false,
40
  "isopen": false,
            
41
  "license_id": null,
41
  "license_id": null,
            
42
  "license_title": null,
42
  "license_title": null,
            
43
  "maintainer": "data@disl.org",
43
  "maintainer": "data@disl.org",
            
44
  "maintainer_email": "data@disl.org",
44
  "maintainer_email": "data@disl.org",
            
45
  "metadata_created": "2022-07-27T14:33:02.919471",
45
  "metadata_created": "2022-07-27T14:33:02.919471",
            
n
46
  "metadata_modified": "2022-07-27T14:33:03.348630",
n
46
  "metadata_modified": "2022-07-27T14:33:03.773510",
            
47
  "name": 
47
  "name": 
            
48
ty-and-resilience-of-the-benthic-microbial-assemblages-in7-vh1r-dy20",
48
ty-and-resilience-of-the-benthic-microbial-assemblages-in7-vh1r-dy20",
            
49
  "notes": "### Abstract\nThis dataset is a raw sequence reads from 
49
  "notes": "### Abstract\nThis dataset is a raw sequence reads from 
            
50
samples collected from Chandeleur Islands, Louisiana from 2015-06-29 
50
samples collected from Chandeleur Islands, Louisiana from 2015-06-29 
            
51
to 2015-09-23. Marine sediment microbial communities play a critical 
51
to 2015-09-23. Marine sediment microbial communities play a critical 
            
52
role in primary production, sediment oxygenation, key biogeochemical 
52
role in primary production, sediment oxygenation, key biogeochemical 
            
53
cycles, and provide a nutrient-rich food source for benthic 
53
cycles, and provide a nutrient-rich food source for benthic 
            
54
invertebrates. While the photosynthetic organisms drive productivity 
54
invertebrates. While the photosynthetic organisms drive productivity 
            
55
at the surface, protists and other non-photosynthetic organisms 
55
at the surface, protists and other non-photosynthetic organisms 
            
56
dominate metabolic processes including hydrocarbon degradation in 
56
dominate metabolic processes including hydrocarbon degradation in 
            
57
deeper sediments. In an effort to understand the response and recovery 
57
deeper sediments. In an effort to understand the response and recovery 
            
58
of benthic microbial assemblages in sediments we embarked on an 
58
of benthic microbial assemblages in sediments we embarked on an 
            
59
intensive field survey in the Chandeleur Islands, an area impacted by 
59
intensive field survey in the Chandeleur Islands, an area impacted by 
            
60
the Deepwater Horizon (DWH) spill. Field sites were selected 
60
the Deepwater Horizon (DWH) spill. Field sites were selected 
            
61
representing an oiling gradient based on NOAA Shoreline Cleanup and 
61
representing an oiling gradient based on NOAA Shoreline Cleanup and 
            
62
Assessment Technique (SCAT) surveys over a range of habitats, 
62
Assessment Technique (SCAT) surveys over a range of habitats, 
            
63
including salt marsh, un-vegetated sand, and seagrass meadows. 
63
including salt marsh, un-vegetated sand, and seagrass meadows. 
            
64
Triplicate sediment cores (0-30cm) were collected from each habitat 
64
Triplicate sediment cores (0-30cm) were collected from each habitat 
            
65
across the four field sites in June and September of 2015. Cores were 
65
across the four field sites in June and September of 2015. Cores were 
            
66
sectioned and sub-samples were taken for genomic DNA isolation. 
66
sectioned and sub-samples were taken for genomic DNA isolation. 
            
67
Microbenthic community abundance and biodiversity were investigated 
67
Microbenthic community abundance and biodiversity were investigated 
            
68
with Illumina MiSeq 2 x 250 bp technology for 108 sediment samples. 
68
with Illumina MiSeq 2 x 250 bp technology for 108 sediment samples. 
            
69
Research background and DNA sequence data can be accessed at the 
69
Research background and DNA sequence data can be accessed at the 
            
70
National Center for Biotechnology Information (NCBI) under accession 
70
National Center for Biotechnology Information (NCBI) under accession 
            
71
number PRJNA630066.\n\n### Purpose\nShared research information and 
71
number PRJNA630066.\n\n### Purpose\nShared research information and 
            
72
DNA sequences can be used as a reference by other researchers who 
72
DNA sequences can be used as a reference by other researchers who 
            
73
study oiling effects on microbial communities.\n\n**DOI: 
73
study oiling effects on microbial communities.\n\n**DOI: 
            
74
.7266/n7-vh1r-dy20](https://www.doi.org/10.7266/n7-vh1r-dy20)**\n\n### 
74
.7266/n7-vh1r-dy20](https://www.doi.org/10.7266/n7-vh1r-dy20)**\n\n### 
            
75
Suggested Citation\nAlison Robertson, Michael Parsons, Hidetoshi 
75
Suggested Citation\nAlison Robertson, Michael Parsons, Hidetoshi 
            
76
Urakawa. 2020. Assessment of protist biodiversity and resilience of 
76
Urakawa. 2020. Assessment of protist biodiversity and resilience of 
            
77
the benthic microbial assemblages in sub-tidal and intertidal from the 
77
the benthic microbial assemblages in sub-tidal and intertidal from the 
            
78
Chandeleur Islands, Louisiana, 2015-06-29 to 2015-09-23. Distributed 
78
Chandeleur Islands, Louisiana, 2015-06-29 to 2015-09-23. Distributed 
            
79
by: Gulf of Mexico Research Initiative Information and Data 
79
by: Gulf of Mexico Research Initiative Information and Data 
            
80
Cooperative (GRIIDC), Harte Research Institute, Texas A&M 
80
Cooperative (GRIIDC), Harte Research Institute, Texas A&M 
            
81
University\u2013Corpus Christi. doi:10.7266/n7-vh1r-dy20\n\n**Funded 
81
University\u2013Corpus Christi. doi:10.7266/n7-vh1r-dy20\n\n**Funded 
            
82
by:** Gulf of Mexico Research Initiative (GoMRI)\n\n**Funding cycle:** 
82
by:** Gulf of Mexico Research Initiative (GoMRI)\n\n**Funding cycle:** 
            
83
RFP-IV\n\n**Research group:** Alabama Center for Ecological Resilience 
83
RFP-IV\n\n**Research group:** Alabama Center for Ecological Resilience 
            
84
(ACER)\n\n",
84
(ACER)\n\n",
            
n
85
  "num_resources": 1,
n
85
  "num_resources": 2,
            
86
  "num_tags": 12,
86
  "num_tags": 12,
            
87
  "organization": {
87
  "organization": {
            
88
    "approval_status": "approved",
88
    "approval_status": "approved",
            
89
    "created": "2022-07-22T03:25:13.329710",
89
    "created": "2022-07-22T03:25:13.329710",
            
90
    "description": "The Dauphin Island Sea Lab organization.",
90
    "description": "The Dauphin Island Sea Lab organization.",
            
91
    "id": "cb136e67-d862-4b9e-af1c-e5c564cee512",
91
    "id": "cb136e67-d862-4b9e-af1c-e5c564cee512",
            
92
    "image_url": "",
92
    "image_url": "",
            
93
    "is_organization": true,
93
    "is_organization": true,
            
94
    "name": "dauphin-island-sea-lab",
94
    "name": "dauphin-island-sea-lab",
            
95
    "state": "active",
95
    "state": "active",
            
96
    "title": "Dauphin Island Sea Lab",
96
    "title": "Dauphin Island Sea Lab",
            
97
    "type": "organization"
97
    "type": "organization"
            
98
  },
98
  },
            
99
  "owner_org": "cb136e67-d862-4b9e-af1c-e5c564cee512",
99
  "owner_org": "cb136e67-d862-4b9e-af1c-e5c564cee512",
            
100
  "private": false,
100
  "private": false,
            
101
  "relationships_as_object": [],
101
  "relationships_as_object": [],
            
102
  "relationships_as_subject": [],
102
  "relationships_as_subject": [],
            
103
  "resources": [
103
  "resources": [
            
104
    {
104
    {
            
105
      "cache_last_updated": null,
105
      "cache_last_updated": null,
            
106
      "cache_url": null,
106
      "cache_url": null,
            
107
      "created": "2022-07-27T14:33:03.380149",
107
      "created": "2022-07-27T14:33:03.380149",
            
108
      "datastore_active": false,
108
      "datastore_active": false,
            
109
      "datastore_contains_all_records_of_source_file": false,
109
      "datastore_contains_all_records_of_source_file": false,
            
110
      "description": null,
110
      "description": null,
            
111
      "format": "XML",
111
      "format": "XML",
            
112
      "hash": "",
112
      "hash": "",
            
113
      "id": "fd4b1a2d-ef36-46d4-926c-eef1d8251d15",
113
      "id": "fd4b1a2d-ef36-46d4-926c-eef1d8251d15",
            
114
      "last_modified": "2022-07-27T14:33:03.340732",
114
      "last_modified": "2022-07-27T14:33:03.340732",
            
n
115
      "metadata_modified": "2022-07-27T14:33:03.352495",
n
115
      "metadata_modified": "2022-07-27T14:33:03.777045",
            
116
      "mimetype": "application/xml",
116
      "mimetype": "application/xml",
            
117
      "mimetype_inner": null,
117
      "mimetype_inner": null,
            
118
      "name": "R4.x262.000-0008-metadata.xml",
118
      "name": "R4.x262.000-0008-metadata.xml",
            
119
      "package_id": "48864d76-c0ab-4588-a4ed-c1670f83d7bf",
119
      "package_id": "48864d76-c0ab-4588-a4ed-c1670f83d7bf",
            
120
      "position": 0,
120
      "position": 0,
            
121
      "resource_type": null,
121
      "resource_type": null,
            
122
      "size": 29331,
122
      "size": 29331,
            
123
      "state": "active",
123
      "state": "active",
            
124
      "url": 
124
      "url": 
            
125
d-ef36-46d4-926c-eef1d8251d15/download/r4.x262.000-0008-metadata.xml",
125
d-ef36-46d4-926c-eef1d8251d15/download/r4.x262.000-0008-metadata.xml",
            
t
t
126
      "url_type": "upload"
            
127
    },
            
128
    {
            
129
      "cache_last_updated": null,
            
130
      "cache_url": null,
            
131
      "created": "2022-07-27T14:33:03.815308",
            
132
      "datastore_active": false,
            
133
      "datastore_contains_all_records_of_source_file": false,
            
134
      "description": null,
            
135
      "format": "TXT",
            
136
      "hash": "",
            
137
      "id": "07685566-abd4-4642-93ec-6f00db99d62b",
            
138
      "last_modified": "2022-07-27T14:33:03.763922",
            
139
      "metadata_modified": "2022-07-27T14:33:03.777309",
            
140
      "mimetype": "text/plain",
            
141
      "mimetype_inner": null,
            
142
      "name": 
            
143
"PRJNA630066_Assessment_protist_biodiversity_resilience.txt",
            
144
      "package_id": "48864d76-c0ab-4588-a4ed-c1670f83d7bf",
            
145
      "position": 1,
            
146
      "resource_type": null,
            
147
      "size": 139105,
            
148
      "state": "active",
            
149
      "url": 
            
150
/download/prjna630066_assessment_protist_biodiversity_resilience.txt",
            
126
      "url_type": "upload"
151
      "url_type": "upload"
            
127
    }
152
    }
            
128
  ],
153
  ],
            
129
  "state": "active",
154
  "state": "active",
            
130
  "tags": [
155
  "tags": [
            
131
    {
156
    {
            
132
      "display_name": "16S rRNA",
157
      "display_name": "16S rRNA",
            
133
      "id": "3d181df1-15a0-44d9-ac5a-f3fd1f1a8a01",
158
      "id": "3d181df1-15a0-44d9-ac5a-f3fd1f1a8a01",
            
134
      "name": "16S rRNA",
159
      "name": "16S rRNA",
            
135
      "state": "active",
160
      "state": "active",
            
136
      "vocabulary_id": null
161
      "vocabulary_id": null
            
137
    },
162
    },
            
138
    {
163
    {
            
139
      "display_name": "18S rRNA",
164
      "display_name": "18S rRNA",
            
140
      "id": "673fa747-2ef2-47fc-9453-45b1690b44ad",
165
      "id": "673fa747-2ef2-47fc-9453-45b1690b44ad",
            
141
      "name": "18S rRNA",
166
      "name": "18S rRNA",
            
142
      "state": "active",
167
      "state": "active",
            
143
      "vocabulary_id": null
168
      "vocabulary_id": null
            
144
    },
169
    },
            
145
    {
170
    {
            
146
      "display_name": "Archaea",
171
      "display_name": "Archaea",
            
147
      "id": "968335f5-b446-4953-a27b-092f8c00e26e",
172
      "id": "968335f5-b446-4953-a27b-092f8c00e26e",
            
148
      "name": "Archaea",
173
      "name": "Archaea",
            
149
      "state": "active",
174
      "state": "active",
            
150
      "vocabulary_id": null
175
      "vocabulary_id": null
            
151
    },
176
    },
            
152
    {
177
    {
            
153
      "display_name": "Bacteria",
178
      "display_name": "Bacteria",
            
154
      "id": "274340f5-262a-4fe1-b1fe-ccd36ec39085",
179
      "id": "274340f5-262a-4fe1-b1fe-ccd36ec39085",
            
155
      "name": "Bacteria",
180
      "name": "Bacteria",
            
156
      "state": "active",
181
      "state": "active",
            
157
      "vocabulary_id": null
182
      "vocabulary_id": null
            
158
    },
183
    },
            
159
    {
184
    {
            
160
      "display_name": "Chandeleur Islands",
185
      "display_name": "Chandeleur Islands",
            
161
      "id": "1187d400-d9de-4166-aca2-2e591ecf8c65",
186
      "id": "1187d400-d9de-4166-aca2-2e591ecf8c65",
            
162
      "name": "Chandeleur Islands",
187
      "name": "Chandeleur Islands",
            
163
      "state": "active",
188
      "state": "active",
            
164
      "vocabulary_id": null
189
      "vocabulary_id": null
            
165
    },
190
    },
            
166
    {
191
    {
            
167
      "display_name": "Deepwater Horizon oil spill",
192
      "display_name": "Deepwater Horizon oil spill",
            
168
      "id": "3dba9434-7ecc-4aa5-a9f4-df31c3311b85",
193
      "id": "3dba9434-7ecc-4aa5-a9f4-df31c3311b85",
            
169
      "name": "Deepwater Horizon oil spill",
194
      "name": "Deepwater Horizon oil spill",
            
170
      "state": "active",
195
      "state": "active",
            
171
      "vocabulary_id": null
196
      "vocabulary_id": null
            
172
    },
197
    },
            
173
    {
198
    {
            
174
      "display_name": "Eukarya",
199
      "display_name": "Eukarya",
            
175
      "id": "5a302a9d-2ca9-4c4f-bdb3-5f23c95eae17",
200
      "id": "5a302a9d-2ca9-4c4f-bdb3-5f23c95eae17",
            
176
      "name": "Eukarya",
201
      "name": "Eukarya",
            
177
      "state": "active",
202
      "state": "active",
            
178
      "vocabulary_id": null
203
      "vocabulary_id": null
            
179
    },
204
    },
            
180
    {
205
    {
            
181
      "display_name": "Gulf of Mexico",
206
      "display_name": "Gulf of Mexico",
            
182
      "id": "26b2a6bc-e01b-4c22-9d3f-5bbcd148cc4f",
207
      "id": "26b2a6bc-e01b-4c22-9d3f-5bbcd148cc4f",
            
183
      "name": "Gulf of Mexico",
208
      "name": "Gulf of Mexico",
            
184
      "state": "active",
209
      "state": "active",
            
185
      "vocabulary_id": null
210
      "vocabulary_id": null
            
186
    },
211
    },
            
187
    {
212
    {
            
188
      "display_name": "Louisiana",
213
      "display_name": "Louisiana",
            
189
      "id": "d7699c97-9202-4624-bb36-265d2a628a57",
214
      "id": "d7699c97-9202-4624-bb36-265d2a628a57",
            
190
      "name": "Louisiana",
215
      "name": "Louisiana",
            
191
      "state": "active",
216
      "state": "active",
            
192
      "vocabulary_id": null
217
      "vocabulary_id": null
            
193
    },
218
    },
            
194
    {
219
    {
            
195
      "display_name": "coastal",
220
      "display_name": "coastal",
            
196
      "id": "ef936b5d-7d1f-40d2-b1e2-4608120a1274",
221
      "id": "ef936b5d-7d1f-40d2-b1e2-4608120a1274",
            
197
      "name": "coastal",
222
      "name": "coastal",
            
198
      "state": "active",
223
      "state": "active",
            
199
      "vocabulary_id": null
224
      "vocabulary_id": null
            
200
    },
225
    },
            
201
    {
226
    {
            
202
      "display_name": "seagrass",
227
      "display_name": "seagrass",
            
203
      "id": "5824ced6-3e9f-41c8-abac-b98bcff0e203",
228
      "id": "5824ced6-3e9f-41c8-abac-b98bcff0e203",
            
204
      "name": "seagrass",
229
      "name": "seagrass",
            
205
      "state": "active",
230
      "state": "active",
            
206
      "vocabulary_id": null
231
      "vocabulary_id": null
            
207
    },
232
    },
            
208
    {
233
    {
            
209
      "display_name": "sediment",
234
      "display_name": "sediment",
            
210
      "id": "d786ab28-d532-4342-a122-d99565e6d8ce",
235
      "id": "d786ab28-d532-4342-a122-d99565e6d8ce",
            
211
      "name": "sediment",
236
      "name": "sediment",
            
212
      "state": "active",
237
      "state": "active",
            
213
      "vocabulary_id": null
238
      "vocabulary_id": null
            
214
    }
239
    }
            
215
  ],
240
  ],
            
216
  "title": "Assessment of protist biodiversity and resilience of the 
241
  "title": "Assessment of protist biodiversity and resilience of the 
            
217
benthic microbial assemblages in sub-tidal and intertidal from the 
242
benthic microbial assemblages in sub-tidal and intertidal from the 
            
218
Chandeleur Islands, Louisiana, 2015-06-29 to 2015-09-23",
243
Chandeleur Islands, Louisiana, 2015-06-29 to 2015-09-23",
            
219
  "type": "dataset",
244
  "type": "dataset",
            
220
  "url": null,
245
  "url": null,
            
221
  "version": null
246
  "version": null
            
222
}
247
}